يعتبر ضريح ذي النون من الأضرحة الغريبة في مصر، وصاحب الضريح هو إبراهيم أبو الفيض المعروف بذى النون المصرى، أحد مشايخ الصوفية المذكورين في رسالة القشيرى، كان أبوه نوبيا مولى لقرشى من أهل أخميم، وكان ذو النون أسمر اللون شديد السمرة تعلوه حمرة وليس بأبيض اللحية وكان جسمه نحيفًا، ويقول ابن خلكان: كان ذو النون أوحد وقته علمًا وورعا وحالا وادبًا، وهو مهدود في جملة، وكان يحث على البر والإحسان للفقراء.
أما ضريحه فصمم المبنى عبارة عن مسجد مستطيل الشكل به ثلاثة أروقة موازية لحائط القبلة، وتتكون الورقة من صقين من الدعائم، الحجرية المثمنة الشكل تعلوها عقود مدببة حجرية كذلك والسقف من الخشب.
وفى الرواق الأول من جهة القبلة يوجد على يمين المحراب قبران القريب من المحراب قبر ذي النون وعليه شاهد قبر حجرى حفر عليه بالخط الكوفى البسيط بالحفر الغائر اسم ذي النون وتاريخ وفاته سنة 245 هـ، والمقبرة الثانية يقال أنها لمحمد بن الحنفية وعليها شاهد من الرخام مكتوب سنة 1966م، وعلى يسار المحراب في نفس حائط القبلة توجد حجرة مستطيلة صغيرة جدا ويمكن اعتبارها حنية مستطيلة يقال أن بها قبر السيدة رابعة العدوية، ومن الثابت أن قبرى الإمام محمد بن الحنفية والسيدة رابعة العدوية ليسا بمصر، ولعل القبرين الموجودين بمصر من قبيل أضرحة الرؤيا وهى كثيرة بمصر، كذلك يوجد في الروق الول على يسار المحراب قبران آخران الأول للشيخ حميد خادم ضريح ذي النون المتوفى سنة 648 هـ كما هو ثابت في الشاهد الحجرى الموضوع على القبر والثانى للشيخ محفوظ محمد الريحاوى إمام وخطيب مسجد ذي النون بالجيزة والمتوفى سنة 1380 هـ، كما جاء في الشاهد الرخامى على القبر.
والمدخل الرئيسى للضريح يوجد في الجهة الجنوبية، وهو عبارة عن باب يعلوه عقد ذو ثلاث فصوص وفوق عتب الباب توجد لوحة تذكارية نقش عليه اسم المنشئ وهو الأمير شعبان من مماليك السلطان الظاهر بيبرس وقد نقلت هذه اللوحة إلى متحف الفن الإسلامى.